Ein brüchiger Friede zwischen Menschen und Mutanten herrscht auf der Erde, mit einem speziellen Minister für Mutantenfragen, Dr.Hank McCoy alias „Beast“ (Kelsey Grammer) haben sie in der Regierung sogar einen Fürsprecher, der sich um ihre Belange kümmert. Als eine Genfirma jedoch ein Mittel entwickelt, mit dem man das Mutationsgen unterdrücken kann, nutzt der nun wieder freie Magneto (Ian McKellen) die bisher auf freiwilliger Basis angebotene „Kur“, um Ängste unter den Mutanten zu schüren, sie könnten zur Behandlung gezwungen werden. Er beginnt, eine riesige Armee für den finalen Krieg gegen die Menschen zu sammeln, was wiederum Dr.Xavier (Patrick Stewart) und seine Mutantenschule auf den Plan ruft.
